Bancaja acusa el mal estado de la economía. Su tasa de morosidad en 2008 se incrementó en más de un 400% hasta alcanzar el 4,28%. Es decir, la mora se encuentra por encima del sistema bancario (3,4%), sin alcanzar a Caja Madrid (4,87%), aunque muy superior a la de La Caixa (2,48).
Este incremento de la mora está relacionado principalmente con el aumento de los problemas en las empresas del sector inmobiliario. Además, el paro ha hecho mella en los clientes particulares de la caja. Todo esto ha obligado a Bancaja a realizar a lo largo del año dotaciones por valor de 767 millones de euros, que equivalen al 150% del resultado atribuido recurrente, que fue de 501,4 millones de euros. Dada esta situación, Bancaja ha decidido contar con unas dotaciones voluntarias de 225 millones de euros para riesgos futuros.